החנינה אינה בבחינת חלק מההליך הפלילי אלא מוסד שנבנה עם השנים והוא מונע משיקולים של הומניות, מוסר וחכמת חיים.
תחום החנינה אינו מוסדר באופן ברור בחקיקה, למעט שני מקורות המעניקים לנשיא המדינה את הסמכות להעניק חנינה.
האחד קבוע בחוק יסוד : נשיא המדינה הקובע, כי לנשיא סמכות להקל בעונשם של עבריינים. ההקלה עשויה להתבטא בשניים. האחד, הקלה בעונש, שאינה בבחינת ביטול גזר הדין, אלא רק לקציבת העונש (במקרה של מאסר עולם) או לקיצורו. השני, חנינה טרם העמדה לדין (פרשת קו 300).
השני קבוע בסעיף 18לחוק המרשם הפלילי ותקנת השבים, לפיו רשאי הנשיא להורות על מחיקת רישומים פליליים מגיליון המרשם הפלילי. לרוב, אין מדובר על מחיקה גורפת של הרישום, אלא על קיצור תקופת ההתיישנות שתחלוף עד למחיקת ההרשעה.
נשיא המדינה אינו פועל לבדו בתחום זה והוא רשאי לקבל חוו"ד שר המשפטים לגבי כל בקשת חנינה. במרבית המקרים מאמץ נשיא המדינה את חוות הדעת של מחלקת החנינות במשרד המשפטים ופועל בהתאם לה.
לפיכך, כל בקשת חנינה המופנית לנשיא רצוי לשלוח גם למחלקת החנינות במשרד המשפטים, על מנת שיחלו בהכנת חוו"ד לנשיא.
השיקולים בבסיס ההחלטה לחנינה הינם רבים ומורכבים. לרוב מתחשבים בשירות של מבקש החנינה בצה"ל ותרומתו למדינה. גם בבקשות למחיקת רישום פלילי של עבריינים שביצעו עבירות לפני שירות צבאי והרישום הפלילי מונע את גיוסם לצה"ל – קיים הסכם בין שר המשפטים ושר הביטחון ליפו ישקלו בחיוב בקשות למחיקת הרישום על מנת שגיוסם לצה"ל יתאפשר.
שיקול נוסף הינו מצבו הבריאותי והנפשי של המבקש, על מצב זה יש להציג מסכים רפואיים המעידים על מצב נפשי רעוע או מצב בריאותי ירוד, המחזקים את הצורך בקיצור עונש מאסרו של פלוני, ולעתים אף בשחרורו לאלתר.
שיקול נוסף הינו גילו של המבקש. אין דינו של אדם צעיר כדינו של אדם מבוגר, העשוי לסיים את חייו בין כותלי בית הכלא. יחד עם זאת, אין המדובר בשיקולים זהים לאלו המושמעים בבית המשפט ביחס לטיעונים לעונש.
כך יש מקום לתת רקע על בני משפחתו של המבקש, כגון מצב נפשי בעקבות הרשעתו ומאסרו של המבקש, מספר הנפשות במשפחה, רקע סוציו-אקונומי ועוד. סיפור חייו של המבקש חשוב ויש לשים דגש על אירועים חשובים או טראומטיים בחייו, זאת לצד תרומתו לחברה ולקהילה בין במסגרת אזרחית ובין במסגרת צבאית.
בכתיבת בקשה לחנינה יש לצרף מסמכים המאמתים את הטענות המועלות בבקשה. ייתכן ולשכת הנשיא או משרד המשפטים יפנו בדרישה לקבלת חומר נוסף – יש להקפיד ולהציג כל מסמך שיגבה את הבקשה.
על מנת לזרז את ההליך רצוי לשלוח לצד הבקשה גם את הרישום הפלילי של המבקש, פרוטוקולים ומסמכים מבית המשפט, פירוט קנסות ועוד.
סמכותו של נשיא המדינה אינה בלתי מוגבלת. הנשיא אינו מתערב כיום בחנינות טרם העמדה לדין. כמו כן, אין הנשיא נוהג להתערב בתיקים שטרם נסתיימו ונתבררו לפני בית המשפט.
נשיא המדינה אינו יכול להתערב בכל הקשור לבתי דין צבאיים ואין לו אפשרות להקל על העונשים שגזר בית הדין על חיילים. הנשיא אינו יכול למחוק מהמרשם הפלילי תיקים שנסגרו ללא העמדה לדין ואינו יכול להקל בסנקציות שאינן עונשים פליליים כגון מאסר שניתן במסגרת הוצאה לפועל.
